Estudió en el Instituto de Arquitectura de Tournai en Bélgica y posteriormente en Instituto Universitario de Arquitectura de Venecia. A finales de la década de los ochenta, cuando llega a México y emprende múltiples caminatas por las calles del centro de la ciudad, comienza su quehacer artístico.

Concebidas como una serie de acciones anónimas y de las cuales sólo quedan algunos souvenirs, Alÿs va acumulando a su paso marcas que transforma en catalizadores de historias y narraciones que existen en la frontera del hecho y la ficción. Este aspecto narrativo en el trabajo de Alÿs es fundamental al poner en entredicho cualquier explicación o interpretación cerrada sobre sus piezas que, si bien tienen su origen en un contexto localizado, abren su significación a ámbitos más amplios. La principal referencia de su trabajo artístico es el concepto y no la producción de un objeto.

A través de postales, pintura figurativa, performance, videos musicales, series fotográficas, animaciones y proyectos de páginas web, Francis Alÿs ha ido dando cuerpo a la idea de múltiples interpretaciones al crear pequeñas pinturas-modelo que posteriormente fueron interpretadas y reelaboradas por varios ilustradores de carteles publicitarios en la ciudad de México que transformaban las dimensiones, las tonalidades e incluso las posturas de los personajes propuestos por Alÿs.

La serie The Liar, the copy of the liar se presentaba como una obra en colaboración y los ilustradores llegaron a formar, junto con Alÿs, una cooperativa comercial que en sólo unos años, hasta 1997, realizó cientos de pinturas.

Los espacios públicos escogidos para las intervenciones y acciones artísticas suelen ser lugares políticamente significativos, como el Zócalo en la plaza central de México. En Cuentos patrióticos (1997) el artista condujo a un rebaño de ovejas en círculos alrededor de la bandera nacional izada en el centro de dicha plaza, y en la acción La fe mueve montañas realizada en la Bienal de Lima, una duna de arena fue desplazada por unos quinientos voluntarios armados de palas. Asimismo, su crítica postura en relación al mercado del arte apela a la ironía, como en la acción llevada a cabo durante la inauguración de la Bienal de Venecia de 2001 en la cual dejó a cinco pavos reales sueltos exhibiéndose con orgullo entre los visitantes de los Giardini, o la peregrinación al MoMA Queens, The Modern Procession.